外国公司在中国境内设立分支机构应当按照以下程序办理：

1、提交设立分支机构的申请

外国公司在中国境内设立分支机构必须向中国主管机关提出申请。目前受理申请的机关为中华人民共和国商务部。

外国公司在中国境内设立分支机构的申请书一般包括下列事项：外国公司的名称、种类及国籍;外国公司从事的生产经营业务及其准备在我国设立的分支机构将要在我国从事的主要生产经营活动;外国公司所在地及其准备在我国设立的分支机构的所在地;在中国设立的分支机构开始营业的年、月、日;外国公司董事及其他负责人的姓名、国籍、住所等等。

2、提交相关申请文件

外国公司向我国有关主管部门提出设立分支机构的申请时，应当提交有关文件，主要包括所申请成立分支机构的外国公司的公司章程、所属目的公司登记证书，还包括该外国公司开户银行出具的资信证明、该外国公司法人代表签署的分支机构代表人或者代理人的简历和身份证明、分支机构在我国从事经营活动的业务计划书、公司股东会或者董事会对于请求批准的议事记录以及审批机关要求的其他材料。

3、外国公司分支机构获得审批

对外国公司申请设立分支或者不批准的决定。审批机关要依法审查外国公司设立分支机构是否符合设立的条件。一般来说，符合下列条件的，予以批推：申请文件符合审批机关报送文件要求，明确指定了分支机构的代表人或者代理人，分支机构的最低运营资金不少于国家规定的最低数额，分支机构的生产经营符合国家有英法律、法规的规定。

4、领取营业执照

经中国政府有关主管部门批准后，申请设立分支机构的外国公司应当持有关证件到中国的工商行政管理机关办理营业执照。所待证件应当包括外国公司的公司章程、所属国的公司登记证书、隶属公司的法定代表签署的申请书、中国政府有关主管部门的审批证明、所设分支机构的负责人的任职文件、资金拨付证明文件(或者担保文件)等。

经中国政府的工商行政管理机关审查核准后，即可领取营业执照，该执照是分支机构从事经营活动的合法凭证，可以依此刻制公章、开设银行账户、开展核准的经营范围内的经营活动。外国公司的分支机构领取营业执照后，方可开始营业，登记机关签发营业执照的田期即为分支机构成立的日期。